Shephard написал(а):

Скажите, пожалуйста, можно ли в мобильной версии такие же ссылки, как на картинке, сделать и внизу страницы? А то если хочется перейти на шаг вверх приходится страницу до верха проматывать, а это не очень удобно.

Код:

.punbb #pun-crumbs2 {
    display: block !important;
}

Shephard написал(а):

А на телефоне, если повернуть его горизонтально, появляется вот такая картина:

Какой браузер на телефоне?

Выделить код.punbb #pun-crumbs2 {
    display: block !important;
}

Подозреваю, что дело не в мобильном стиле. Он же для вьюпорта менее 540px прописывается, а на iPad вьюпорт явно шире.
Не уверен, что поможет, но попробуйте такую правку:

#pun {
  width: 1066px;
  margin: 0 auto 100px;
  margin-bottom: 100px;
  position: relative;
  padding: 0 20px;
  box-sizing: border-box;
}

/* A5.2 */
  .punbb {
  float: left;
  height: auto;
  margin-left: 20px;
  width: 96100%;
  }

Да в принципе без разницы, так и так будет работать идентично.

Shephard написал(а):

А это куда вставлять? В обычные стили или в @media screen and (max-width: 540px)?

Да в принципе без разницы, так и так будет работать идентично.

Shephard написал(а):

Нет, к сожалению, изменений нет. Когда в Админке Мобильный стиль отключаю, все выравнивается.

Хм, это странно. А если ширину форума уменьшить до 1024px (включая padding-и по бокам)?