Во время революционной войны и после окончательной независимости США вооруженные столкновения между поселенцами и индейцами не были редкостью. Некоторые события отличались жестокостью или трагичностью, и получили широкую огласку. 30 апреля 1774 года произошла резня у Жёлтого Ручья, близ современного Уэлсвилля (штат Огайо). В период напряженных отношений и регулярных конфликтов между жителями самых удаленных населенных пунктов США и индейцами, от рук группы из 22-30 вирджинских приграничных поселенцев, во главе которых стоял Дэниэл Грейтхауз, погибли не менее десятка индейцев из племени минго, среди которых были брат, и по некоторым источникам также жена, племянник, и сестра Логана. Убитая сестра Логана — Кунай, имела с собой 2-месячную дочь, которую оставили в живых и передали отцу Джону Гибсону, в то время одному из знатных белых торговцев в районе, и в будущем управляющим территорией Индианы
В 1825 г. Верховный суд США в одном из решений формулирует Доктрину открытия, согласно которой право на земли «открытых» земель принадлежит тем, кто их «открыл», а коренное население сохраняет право проживания на них, но не собственности на землю. На основании данной доктрины уже в 1830 г. принят Закон о переселении индейцев, жертвами которого становятся Пять цивилизованных племён.
26 февраля 1860 года на острове Индиан-Айленд, у побережья северной Калифорнии шесть местных жителей, землевладельцев и бизнесменов, устроили резню индейцев племени Вийот, убив топорами и ножами по крайней мере 60, и возможно более чем 200 женщин, детей и стариков.[16][17]
В 1867 году появляется Закон о переселении индейцев в резервации. Индейские резервации зачастую создавались в непригодных для сельского хозяйства местях. Большие резервации расположены на плато Колорадо в штате Аризона (племя навахов), в горах на севере штата Юта, на Великих равнинах в штатах Северная Дакота и Южная Дакота, по течению реки Миссури (племя индейцев сиу), на межгорном плато в штате Вайоминг и в предгорьях Кордильер в штате Монтана (индейцы-шайенны). Большое число резерваций находится вдоль границы США и Канады.
29 декабря 1890 года в окрестности города Вундед-Ни штата Южная Дакота, в результате хаотичной перестрелки, начавшейся из-за случайного выстрела в процессе разоружения племени Лакота армией США, погибло около 150 индейцев, и около 50 получили ранения. Здесь индейцы собрались, чтобы провести популярные у них «пляски духов». [18]
В XIX веке имело место широкомасштабное истребление бизонов, ослабившее многие племена прерий. По оценкам исследователей, в 1800 году численность бизонов составляла 30-40 миллионов животных, а к концу века они были истреблены почти поголовно: осталось менее одной тысячи[19][20][21]. Американский генерал Филип Шеридан писал: «Охотники за бизонами сделали за последние два года больше для решения острой проблемы индейцев, чем вся регулярная армия за последние 30 лет. Они уничтожают материальную базу индейцев. Пошлите им порох и свинец, коли угодно, и позвольте им убивать, свежевать шкуры и продавать их, пока они не истребят всех бизонов!». Шеридан в конгрессе США предлагал учредить специальную медаль для охотников, подчёркивая важность истребления бизонов..
В 1850 года на первой сессии Законодательное собрание Калифорнии приняло «Закон об управлении и защите индейцев»[22] который обозначил принципы будущих взаимоотношений между белыми и индейцами. Предоставляя индейцам некоторую юридическую защиту, Акт тем не менее зафиксировал неравенство белых и индейцев перед законом и положил начало широкому злоупотреблению в отношении использования индейцев в качестве рабочей силы, хотя и разрешая им проживать на частных землях. В течение 1851 и 1852 годов Законодательное собрание Калифорнии одобрило выделение 1,1 миллиона долларов на вооружение и содержание отрядов милиции для «подавления враждебно настроенных индейцев» и 1857 году выпустило бонды на сумму 410 тыс. долларов для тех же целей. Хотя, теоретически имев целью разрешить конфликты между белыми и индейцами, эти выплаты только стимулировали формирование новых отрядов добровольцев и попытку уничтожить всех индейцев в Калифорнии.[23]
На уровне местных муниципалитетов практиковались вознаграждения за убитых индейцев. Власти Шаста-Сити в Северной Калифорнии выплачивали 5 долларов за голову индейца в 1855 году, поселение вблизи Марисвилла в 1859 году выплачивало вознаграждение из пожертвованных населением средств «за каждый скальп или другое убедительное подтверждение», что индеец был убит. В 1861 году в округе Техама существовали планы создания фонда «на оплату за скальпы индейцев» и двумя годами позже в Хани-Лейк выплачивали 25 центов за скальп индейца.[24]
Немецкий этнолог Густав фон Кенигсвальд сообщил, что члены антииндейской милиции «отравили стрихнином питьевую воду деревни Кайнганг… вызвав смертельный исход приблизительно двух тысяч индейцев всех возрастов».[13]
В 2009 г. Конгресс США включил в закон о расходах на оборону заявление о принесении официальных извинений индейцам США за «множество случаев насилия, плохого обращения и пренебрежения, которым подвергались Коренные Народы со стороны граждан Соединённых Штатов».[25]