В Мире Шиноби начались три грандиозные Войны одновременно. Радовало одно – войны друг от друга не зависят. Так считают те, кто в ней не участвует. Мизукаге решил напасть на Коноху, чтобы уничтодить давних соперников и получить новые территории. На настоящий момент набирает армию, все, кто уже имеет ранг Генин, должен был отправляться. Узнавшая об этом Коноха решает подготовить всех к битве и собирает армию из Чуунинов и выше. Таки (селение скрытого Водопада) затевает атаку на Кусу (селение скрытой Травы), по давней вражде между лидерами селений. Они обьявляют войну и сейчас оба селения готовят армию. Так же разрозилась война между Ивой (селением скрытого Камня) и Кумо (селением скрытого Облака). Оба селения не велики, и им нужны новые территории. Они до сих пор готовятся вооружённые силы. Орочимару планирует извлечь выгоду из этих войн, так как знает о каждой. Он решает дождаться момента, когда оба селения в каждой войне ослабнут, ударить по ним своей армией. Акацуки планируют напасть на Коноху после того, как только война будет подходить к концу. Суна переодически присылает подмогу Конохе, так как между ними заключён союз. Аме пока живёт спокойной жизнью. Почти всё селение не знает о Войнах и не принимает в них участие. Но кто-то пустил слу о Войнах. Быть может в него поверят?
З.Ы.: Игра начинается два года после Шиппуудена, значит Наруто и его ровестникам уже 17 лет
